发布于: 2022-11-2最后更新: 2023-8-25字数 00 分钟

type
status
date
slug
summary
tags
category
icon
password
Property
Aug 25, 2023 05:15 PM
URL

说明

  • 截至,2022年11月2日,目前的 orca 5.03 是最新版
  • 系统版本 Ubuntu 20.04
  • cpu 在以下平台均测试成功
    • AMD Ryzen 9 5950X
    • Intel(R) Xeon(R) E5-2675 v3
    • Intel(R) Xeon(R) Silver 4210R
    • Intel(R) Xeon(R) Gold 6161
 
以下教程基本就是复制粘贴,很简单

1. 准备工作

下载 MobaXterm : 点我下载 方便后面的操作,sftp 和 ssh 在一个界面非常友好,支持 x11 转发,全能终端工具,方便后面的操作

1.1 更改 Ubuntu 源

更换源保证以后的下载速度 , 修改 sources.list 文件
把里面的全部删掉,修改成下面的:
修改完后,进行更新

1.2 安装 tmux

安装 tmux 的目的是保证,让我们所有的操作都在后台,不用担心断连问题
建立一个 tmux 后台
后面我们的所有操作将在 tmux 中操作,目的是防止断连,什么?你还不会 tmux? ,赶紧去看看吧,10分钟入门(点我打开

1.3 一次性安装所需要的各种包

总是缺少命令?赶紧一键下载吧

2 orca安装

2.1 准备工作

  • 也可以在官网下载,去这个页面(点我前往) 注意要下载带名字中有 share 的版本(几百MB的)!,不要下载那三个分卷,下载的三个分卷(大概10G),我实测,没办法用并行,说的很好自带 openmpi ,实际上很坑.
下载好解压放入你的家目录,如果你不知道,就运行
将下载的压缩文件放入到这个目录中, 然后解压,需要等待一下

2.2 配置环境变量

无脑一键操作

3. openmpi 安装

3.1 准备工作

无脑复制粘贴即可

3.2 编译安装

下面的过程可能有点长,慢慢等待即可,我们是在 tmux 中运行的,所以不怕断连

3.3 配置环境变量

下面命令复制粘贴就行了,会自动放入 .bashrc 文件中
运行
看看是否正常
notion image

3.4 配置超线程运行

如果你不配置以下,会得到类似下面的报错
There are not enough slots available in the system to satisfy the 30slots that were requested by the application:
一键配置:

4. 运行测试

4.1 普通运行

新建一个保存orca文件的目录
点我下载测试文件,也可以把这段代码保存为 orcaTest.inp 文件,保存到上面的 orcaData 文件夹下面
下面的30换成你的线程.如何查看线程?使用这个命令 cat /proc/cpuinfo |grep 'processor'|sort -u|wc -l  可以自行查看,然后替换下面的 30
然后使用命令运行
 
使用 MobaXterm看看是否占满
notion image
 
orca官方手册(点我下载)

4.2 slurm 运行

直接用slurm运行会出错,需要加一个参数 #SBATCH --cpus-per-task=32这里32是我的线程数

5. 参考教程

5.1 安装教程

  1. https://cloud.tencent.com/developer/article/1848685
  1. http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html
  1. https://www.kryii.com/79.html

5.2 其他设置

  1. https://stackoverflow.com/questions/56432943/change-the-number-of-cores-openmpi-can-see?noredirect=1&lq=1
  1. https://www.orcasoftware.de/tutorials_orca/first_steps/install.html
  1. http://muchong.com/html/201705/7084680.html
 

量子化学在线平台 CalcUS 搭建
量子化学在线平台 CalcUS 搭建
公告
type
status
date
slug
summary
tags
category
icon
password
Property
Aug 25, 2023 05:15 PM
URL
公告
博客重大更新,更换为matery主题,阅读体验更加好了。
和博主联系
notion image