发布于: 2024-2-4最后更新: 2024-2-6字数 00 分钟

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Feb 6, 2024 08:01 AM
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  • 分子同步转动,省去手动调节每个分子
  • 排版一键完成,并且保存高清图片
  • ppt 演讲的时候如果条件允许可以直接用 Mathematica 笔记本将更加清晰

1. 需求

在化学反应研究中,最高占据分子轨道(HOMO)和最低未占据分子轨道(LUMO)的理解和分析至关重要。传统上,我们依赖 Gaussian09/16 软件来计算这些轨道数据,这一过程涉及将计算结果的 chk 文件通过 formchk 命令转换为 fchk 文件,再使用 cubegen 命令将 fchk 文件转化为 cube 文件,最后能进行可视化处理。
然而,这一流程并不尽如人意,尤其是在需要同时处理多个分子的轨道数据时。每当需要统一调整多个分子的视角以保持一致性时,工作量急剧增加,手动调整变得异常繁琐。此外,完成这些步骤后,我们还需进行复杂的图像排版工作,这在处理大量分子时更是耗时耗力。

2. 解决

面对这些繁琐且耗时的步骤,我想到了一个高效且简洁的解决方案:结合 Mathematica 和 Gaussian 16,实现一键式分子轨道可视化和自动排版。
首先,我们继续利用 Gaussian 16 进行精确的轨道数据计算。接着,借助 Mathematica 强大的数据处理和图形展示能力,将这些复杂的数据转换成直观的3D图像。这一过程不仅简化了数据转换,还提高了整体的工作效率
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接着我们在 PowerPoint 里面做好 ppt 模板,然后将这些图片直接拖入,免去每次都需要排班的麻烦
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2.1 表格代码

 
代码
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2.2 HOMO,LUMO 函数

代码
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3. 其他

使用 Mathematica 还有一个好处就是,无需每次都重新打开重新载入,因为一旦运行成功后,以后每次打开都能自己随意调整视角什么的,同时还能做其他的数据分析,偶极矩,发光光色,弗朗克-康登原理,分子静电式的可视化和排版等等
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SLURM 作业提交中的动态参数传递问题
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az100始终无法ping通的解决办法
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Aug 25, 2023 05:15 PM
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