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Aug 25, 2023 05:15 PM
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0. 部分功能预览
0.1 集成 Gaussian 16 , ORCA , xtb
可视化提交各种任务
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F930602ad-4837-42f6-8134-1317930bf7f2%2Fmsedge_iNo1XFyhBQ.png?table=block&id=4c14ae86-0ffd-4f6c-bdf2-e56c4fadac3d&t=4c14ae86-0ffd-4f6c-bdf2-e56c4fadac3d&width=3844&cache=v2)
可视化设定各种原子基组
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Ffb063f33-deaa-4f94-99ce-b1ea83c4d8fb%2Fmsedge_5RAI8HD3Y5.png?table=block&id=33074175-12db-478f-bda0-d7dec3165d76&t=33074175-12db-478f-bda0-d7dec3165d76&width=528&cache=v2)
在线显示优化步骤
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fa97f64b4-ab9a-4521-b14d-2b6c41d62f22%2Fmsedge_ADAsZhLSR0.png?table=block&id=4e6fd871-e9ab-4a43-96da-01ddac945daf&t=4e6fd871-e9ab-4a43-96da-01ddac945daf&width=2810&cache=v2)
可视化任务
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F0fcbacc6-bfe7-4e56-8a97-755b39355665%2Fmsedge_h7TbC0XhqM.png?table=block&id=7866f20d-0649-45d1-ad67-dbae4c3fd742&t=7866f20d-0649-45d1-ad67-dbae4c3fd742&width=2837&cache=v2)
0.2 集群管理
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F518d37d8-38cb-4937-abad-2736fa33abf6%2Fmsedge_7TtG72ZXAq.png?table=block&id=ab489cc8-9f63-4479-b9ba-ace6a82ce697&t=ab489cc8-9f63-4479-b9ba-ace6a82ce697&width=2783&cache=v2)
0.3 项目自动化分析
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F50e7897f-9f72-4c9f-8579-9e36cbed7425%2FEXCEL_KoxDooTJTz.png?table=block&id=7d1ff587-8be4-4628-85f5-d385c8ee6de0&t=7d1ff587-8be4-4628-85f5-d385c8ee6de0&width=1407&cache=v2)
1. 准备工作
1.1 说明
- Ubuntu 20.04
- cpu: 5950x, E5-2675-v3 , Intel(R) Xeon(R) Gold 6161 ,Intel(R) Xeon(R) Platinum 8171M,测试均没问题
- 如果你是 Linux 小白,请务必按照我的所有步骤操作.
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1.2 Docker 安装
首先更新源
然后安装docker
1.3 Docker-Compose 安装
赋予 docker-compose 可执行权
1.4 设定 docker 组
2. CalcUS 搭建
2.1 准备工作
原项目是有问题的,没法部署,会报错,经过个人修改,下面是我修改过的文件
CalcUS 下载
- 123网盘: https://www.123pan.com/s/U8JrVv-P3LEH 提取码:waxy
- OneDrive: 点我打开
- 天翼云盘: https://cloud.189.cn/t/FBZRfqAZ7r6r(访问码:sft8)
下载好之后,将文件移动到你的
home
目录(运行 echo $HOME
就可以看到你的 home
目录路径了)下,举例来说就是![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fe6711664-5dca-4927-8f0c-75ad05b7514f%2FUntitled.png?table=block&id=c625925a-2cbf-47b3-ab3e-bd92dbf79d53&t=c625925a-2cbf-47b3-ab3e-bd92dbf79d53&width=384&cache=v2)
这里的我的
home
目录就是: /home/wxyhgk
,将软件移动到 /home/wxyhgk
下面.2.2 安装
下载后,在目录下解压
解压后会得到
CalcUS
文件夹,我们接下来进入 CalcUS
文件夹操作这一步会比较慢,因为得下载各种 docker 镜像,耐心等待即可,下面的 Pulling 表明在 拉取镜像
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fdd3b1cfe-efe8-451d-b6c6-225f97ee957d%2FUntitled.png?table=block&id=0ddf02fc-c229-4bb7-866e-d832d66e8dc0&t=0ddf02fc-c229-4bb7-866e-d832d66e8dc0&width=336&cache=v2)
当出现下面的这个 web_1 字眼的时候表明启动成功
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F84e5ac0c-037f-4f2b-a97e-4dca476680bb%2FUntitled.jpeg?table=block&id=67f49f5b-4087-4071-9f00-f8f87784a3dd&t=67f49f5b-4087-4071-9f00-f8f87784a3dd&width=1560&cache=v2)
最后去浏览器,输入
ip:1234
就可以进去了,这里的 ip 是你机器的ip,也就是你登录 ssh 的 ip.默认
- 账号: wxyhgk
- 密码: default
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fb97804dc-c8f7-46fb-a79d-1f39b1e005e1%2F7516D493-9CE7-46E6-945B-550E0F9851B8.jpeg?table=block&id=2b8f536b-27ba-4ee0-9389-15ee3a0dcd7b&t=2b8f536b-27ba-4ee0-9389-15ee3a0dcd7b&width=2188&cache=v2)
2.3 配置
上面的操作说明为了让 CalcUS 能跑起来,下面是配置,首先停掉 CalcUS,按 Ctrl + c 键就能停掉了.
.env
文件的配置进入 CalcUS 目录,删掉 .env 文件
然后使用命令
新建一个
.env
文件, 这里是让你创建一个用户,密码是 default![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fff94663d-6f0e-4e41-b2ed-30a5a60f2935%2FUntitled.png?table=block&id=6ff23b69-496b-451e-bbec-71390a94d3f7&t=6ff23b69-496b-451e-bbec-71390a94d3f7&width=2216&cache=v2)
配置好之后重新运行
使用这个命令是重新配置 docker 镜像,以前的 docker 容器会被删除,配置好上面的之后,以后启动的时候,就到 CalcUS 目录下,运行
就行了,稍等几分钟,就能在浏览器访问了.
3. 集群配置
这里是一台远程主机的配置,如果你有多台主机,全部按照下面来配置就可以了.
3.1 准备工作
- 首先在你要远程运行的机器上安装 slurm ,slurm 如何安装?点我打开
3.2 创建计算目录
然后将
- Gaussian 16 包
- orca 安装包
- xtb, crest, xtb4stda, stda 安装包
放入到 calcus 目录中,解压.
3.4 制作脚本
下面的脚本均要在 calcus 目录中创建
- gaussian 16 脚本
新建一个
submit_Gaussian.sh
文件,,填入以下内容 #SBATCH -p Ubuntu-5950x
中的 Ubuntu-5950x 改成你的#SBATCH --mail-user=wxyhgk@qq.com
中的 wxyhgk@qq.com 改成你的 qq 邮箱地址#=============== 加载 g16 环境变量 ===========
后面的内容也需要你修改成你 calcus 目录下的g16 路径
上面的脚本你需要将
- orca 脚本
关于orca的部分,可以看我的教程 点我打开
新建一个
submit_ORCA.sh
文件,填入以下内容 #SBATCH -p Ubuntu-5950x
中的 Ubuntu-5950x 改成你的#=== 节点核和数量设定 ===
需要改成你的#SBATCH --mail-user=wxyhgk@qq.com
中的 wxyhgk@qq.com 改成你的 qq 邮箱地址#==============加载 orca 环境变量=========================
修改成你的 calcus 目录下的 orca 路径
上面的脚本你需要将
- xtb 脚本
新建一个
submit_xtb.sh
文件,填入以下内容 #SBATCH -p Ubuntu-5950x
中的 Ubuntu-5950x 改成你的#=== 节点核和数量设定 ===
需要改成你的#SBATCH --mail-user=wxyhgk@qq.com
中的 wxyhgk@qq.com 改成你的 qq 邮箱地址#===========xtb环境变量部分==============
修改成你的 calcus 目录下的 xtb 路径
3.5 集群远程连接
点击网站右上角的
My Profile
按钮![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F1920cc0d-869e-4ce0-b42a-702e49f532d2%2Fmsedge_DHAIc7NVXn.png?table=block&id=5c89a45b-5120-403d-b7a8-0bcf2cebc079&t=5c89a45b-5120-403d-b7a8-0bcf2cebc079&width=384&cache=v2)
然后找到这个
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F2ff834fa-4ed9-4771-920c-192c0f4077ae%2FUntitled.png?table=block&id=be937ff7-215a-42ad-b31e-f31d45226771&t=be937ff7-215a-42ad-b31e-f31d45226771&width=240&cache=v2)
解释以下每个名词的含义
- Cluster Address 代表你远程服务器ssh的
ip:端口
- Cluster Username 代表你远程服务器的用户名
- Core per Calculation 计算用多少核心
- Menory per Calculation 计算用多少内存
- Key Encryption Password 代表密码
配置好之后,点这个 Manage 按钮进入
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F948dbe9f-6889-4bb1-af92-06fe42a4620d%2FUntitled.png?table=block&id=793499a0-4424-46cb-889c-a735d491642f&t=793499a0-4424-46cb-889c-a735d491642f&width=384&cache=v2)
然后点击 View public key
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F47a63e5a-ba0a-4b3f-ae36-8ed9ce2faf87%2FUntitled.png?table=block&id=0cb3fcf2-1121-46ef-9a49-6b38cf09a64b&t=0cb3fcf2-1121-46ef-9a49-6b38cf09a64b&width=288&cache=v2)
会得到一串数字复制这个数字,然后保留着,后面就是配置 ssh免密登录 ,网上教程很多,可以搜索
ssh 免密登录
, 配置好免密登录后,然后点击上面的 Connect to cluster 按钮就可以了3.6 计算测试
配置好上面所有的东西之后,就可以做计算了.如图所示
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F1d45fe77-1fb0-4f75-b9ea-0a2c299459ec%2FUntitled.png?table=block&id=a1b3f45a-e7d4-4e5e-a379-99aed5c7c269&t=a1b3f45a-e7d4-4e5e-a379-99aed5c7c269&width=2477&cache=v2)
4. 参考教程
4.1 Docker 相关
4.2 CalcUS 相关
- 作者:我心永恒
- 链接:https://wxyhgk.com/article/chem-calcus
- 声明:本文采用 CC BY-NC-SA 4.0 许可协议,转载请注明出处。