发布于: 2022-11-11最后更新: 2023-8-25字数 00 分钟

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Aug 25, 2023 05:15 PM
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0. 部分功能预览

0.1 集成 Gaussian 16 , ORCA , xtb

可视化提交各种任务
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可视化设定各种原子基组
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在线显示优化步骤
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可视化任务
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0.2 集群管理

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0.3 项目自动化分析

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1. 准备工作

1.1 说明

 
  • Ubuntu 20.04
  • cpu: 5950x, E5-2675-v3 , Intel(R) Xeon(R) Gold 6161 ,Intel(R) Xeon(R) Platinum 8171M,测试均没问题
  • 如果你是 Linux 小白,请务必按照我的所有步骤操作.
 
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1.2 Docker 安装

首先更新源
 
然后安装docker

1.3 Docker-Compose 安装

 
赋予 docker-compose 可执行权

1.4 设定 docker 组

2. CalcUS 搭建

2.1 准备工作

原项目是有问题的,没法部署,会报错,经过个人修改,下面是我修改过的文件
CalcUS 下载
 
下载好之后,将文件移动到你的 home 目录(运行 echo $HOME 就可以看到你的 home 目录路径了)下,举例来说就是
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这里的我的 home 目录就是: /home/wxyhgk ,将软件移动到 /home/wxyhgk 下面.

2.2 安装

下载后,在目录下解压
 
解压后会得到 CalcUS 文件夹,我们接下来进入 CalcUS 文件夹操作
这一步会比较慢,因为得下载各种 docker 镜像,耐心等待即可,下面的 Pulling 表明在 拉取镜像
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当出现下面的这个 web_1 字眼的时候表明启动成功
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最后去浏览器,输入 ip:1234 就可以进去了,这里的 ip 是你机器的ip,也就是你登录 ssh 的 ip.
默认
  • 账号: wxyhgk
  • 密码: default
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2.3 配置

上面的操作说明为了让 CalcUS 能跑起来,下面是配置,首先停掉 CalcUS,按 Ctrl + c 键就能停掉了.
 
.env 文件的配置
进入 CalcUS 目录,删掉 .env 文件
 
然后使用命令
 
新建一个 .env 文件, 这里是让你创建一个用户,密码是 default
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配置好之后重新运行
使用这个命令是重新配置 docker 镜像,以前的 docker 容器会被删除,配置好上面的之后,以后启动的时候,就到 CalcUS 目录下,运行
就行了,稍等几分钟,就能在浏览器访问了.

3. 集群配置

这里是一台远程主机的配置,如果你有多台主机,全部按照下面来配置就可以了.

3.1 准备工作

  • 首先在你要远程运行的机器上安装 slurm ,slurm 如何安装?点我打开

3.2 创建计算目录

然后将
  • Gaussian 16 包
  • orca 安装包
  • xtb, crest, xtb4stda, stda 安装包
放入到 calcus 目录中,解压.

3.4 制作脚本

下面的脚本均要在 calcus 目录中创建
  • gaussian 16 脚本 新建一个 submit_Gaussian.sh 文件,,填入以下内容
    • 上面的脚本你需要将
      1. #SBATCH -p Ubuntu-5950x 中的 Ubuntu-5950x 改成你的
      1. #SBATCH --mail-user=wxyhgk@qq.com 中的 wxyhgk@qq.com 改成你的 qq 邮箱地址
      1. #=============== 加载 g16 环境变量 =========== 后面的内容也需要你修改成你 calcus 目录下的g16 路径
       
  • orca 脚本 关于orca的部分,可以看我的教程 点我打开 新建一个 submit_ORCA.sh 文件,填入以下内容
    • 上面的脚本你需要将
      1. #SBATCH -p Ubuntu-5950x 中的 Ubuntu-5950x 改成你的
      1. #=== 节点核和数量设定 === 需要改成你的
      1. #SBATCH --mail-user=wxyhgk@qq.com 中的 wxyhgk@qq.com 改成你的 qq 邮箱地址
      1. #==============加载 orca 环境变量========================= 修改成你的 calcus 目录下的 orca 路径
  • xtb 脚本 新建一个 submit_xtb.sh 文件,填入以下内容
      1. #SBATCH -p Ubuntu-5950x 中的 Ubuntu-5950x 改成你的
      1. #=== 节点核和数量设定 === 需要改成你的
      1. #SBATCH --mail-user=wxyhgk@qq.com 中的 wxyhgk@qq.com 改成你的 qq 邮箱地址
      1. #===========xtb环境变量部分============== 修改成你的 calcus 目录下的 xtb 路径

3.5 集群远程连接

点击网站右上角的 My Profile 按钮
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然后找到这个
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解释以下每个名词的含义
  • Cluster Address 代表你远程服务器ssh的 ip:端口
  • Cluster Username 代表你远程服务器的用户名
  • Core per Calculation 计算用多少核心
  • Menory per Calculation 计算用多少内存
  • Key Encryption Password 代表密码
 
配置好之后,点这个 Manage 按钮进入
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然后点击 View public key
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会得到一串数字复制这个数字,然后保留着,后面就是配置 ssh免密登录 ,网上教程很多,可以搜索 ssh 免密登录 , 配置好免密登录后,然后点击上面的 Connect to cluster 按钮就可以了

3.6 计算测试

配置好上面所有的东西之后,就可以做计算了.如图所示
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4. 参考教程

4.1 Docker 相关

  1. https://www.dawnsite.cn/archives/204.html
  1. https://www.bilibili.com/video/BV1og4y1q7M4/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click

4.2 CalcUS 相关

  1. https://github.com/cyllab/CalcUS
  1. https://calcus.readthedocs.io/en/latest/overview.html
 

Ubuntu 20.04 安装 orca 5.03
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