量子化学在线平台 CalcUS 搭建

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0. 部分功能预览

0.1 集成 Gaussian 16 , ORCA , xtb

可视化提交各种任务

可视化设定各种原子基组

在线显示优化步骤

可视化任务

0.2 集群管理

0.3 项目自动化分析

1. 准备工作

1.1 说明

项目来源于: https://github.com/cyllab/CalcUS

Ubuntu 20.04

cpu: 5950x, E5-2675-v3 , Intel(R) Xeon(R) Gold 6161 ,Intel(R) Xeon(R) Platinum 8171M,测试均没问题

如果你是 Linux 小白,请务必按照我的所有步骤操作.

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1.2 Docker 安装

首先更新源

然后安装docker

1.3 Docker-Compose 安装

赋予 docker-compose 可执行权

1.4 设定 docker 组

2. CalcUS 搭建

2.1 准备工作

原项目是有问题的,没法部署,会报错,经过个人修改,下面是我修改过的文件

CalcUS 下载

123网盘: https://www.123pan.com/s/U8JrVv-P3LEH 提取码:waxy

OneDrive: 点我打开

天翼云盘: https://cloud.189.cn/t/FBZRfqAZ7r6r（访问码：sft8）

下载好之后,将文件移动到你的 home 目录(运行 echo $HOME 就可以看到你的 home 目录路径了)下,举例来说就是

这里的我的 home 目录就是: /home/wxyhgk ,将软件移动到 /home/wxyhgk 下面.

2.2 安装

下载后,在目录下解压

解压后会得到 CalcUS 文件夹,我们接下来进入 CalcUS 文件夹操作

这一步会比较慢,因为得下载各种 docker 镜像,耐心等待即可,下面的 Pulling 表明在拉取镜像

当出现下面的这个 web_1 字眼的时候表明启动成功

最后去浏览器,输入 ip:1234 就可以进去了,这里的 ip 是你机器的ip,也就是你登录 ssh 的 ip.

默认

账号: wxyhgk

密码: default

2.3 配置

上面的操作说明为了让 CalcUS 能跑起来,下面是配置,首先停掉 CalcUS,按 Ctrl + c 键就能停掉了.

.env 文件的配置

进入 CalcUS 目录,删掉 .env 文件

然后使用命令

新建一个 .env 文件, 这里是让你创建一个用户,密码是 default

配置好之后重新运行

使用这个命令是重新配置 docker 镜像,以前的 docker 容器会被删除,配置好上面的之后,以后启动的时候,就到 CalcUS 目录下,运行

就行了,稍等几分钟,就能在浏览器访问了.

3. 集群配置

这里是一台远程主机的配置,如果你有多台主机,全部按照下面来配置就可以了.

3.1 准备工作

首先在你要远程运行的机器上安装 slurm ,slurm 如何安装?点我打开

3.2 创建计算目录

然后将

Gaussian 16 包

orca 安装包

xtb, crest, xtb4stda, stda 安装包

放入到 calcus 目录中,解压.

3.4 制作脚本

下面的脚本均要在 calcus 目录中创建

gaussian 16 脚本 新建一个 submit_Gaussian.sh 文件,,填入以下内容

上面的脚本你需要将

#SBATCH -p Ubuntu-5950x 中的 Ubuntu-5950x 改成你的

#SBATCH --mail-user=wxyhgk@qq.com 中的 wxyhgk@qq.com 改成你的 qq 邮箱地址

#=============== 加载 g16 环境变量 =========== 后面的内容也需要你修改成你 calcus 目录下的g16 路径

orca 脚本 关于orca的部分,可以看我的教程点我打开新建一个 submit_ORCA.sh 文件,填入以下内容

上面的脚本你需要将

#SBATCH -p Ubuntu-5950x 中的 Ubuntu-5950x 改成你的

#=== 节点核和数量设定 === 需要改成你的

#SBATCH --mail-user=wxyhgk@qq.com 中的 wxyhgk@qq.com 改成你的 qq 邮箱地址

#==============加载 orca 环境变量========================= 修改成你的 calcus 目录下的 orca 路径

xtb 脚本 新建一个 submit_xtb.sh 文件,填入以下内容

#SBATCH -p Ubuntu-5950x 中的 Ubuntu-5950x 改成你的

#=== 节点核和数量设定 === 需要改成你的

#SBATCH --mail-user=wxyhgk@qq.com 中的 wxyhgk@qq.com 改成你的 qq 邮箱地址

#===========xtb环境变量部分============== 修改成你的 calcus 目录下的 xtb 路径

3.5 集群远程连接

点击网站右上角的 My Profile 按钮

然后找到这个

解释以下每个名词的含义

Cluster Address 代表你远程服务器ssh的 ip:端口

Cluster Username 代表你远程服务器的用户名

Core per Calculation 计算用多少核心

Menory per Calculation 计算用多少内存

Key Encryption Password 代表密码

配置好之后,点这个 Manage 按钮进入

然后点击 View public key

会得到一串数字复制这个数字,然后保留着,后面就是配置 ssh免密登录 ,网上教程很多,可以搜索 ssh 免密登录 , 配置好免密登录后,然后点击上面的 Connect to cluster 按钮就可以了

3.6 计算测试

配置好上面所有的东西之后,就可以做计算了.如图所示

更多的可以看官方教程 https://calcus.readthedocs.io/en/latest/overview.html

4. 参考教程

4.1 Docker 相关

https://www.dawnsite.cn/archives/204.html

https://www.bilibili.com/video/BV1og4y1q7M4/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click

4.2 CalcUS 相关

https://github.com/cyllab/CalcUS

https://calcus.readthedocs.io/en/latest/overview.html