Ubuntu 20.04 安装 orca 5.03
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Dec 1, 2022 07:28 AM
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说明
- 截至,2022年11月2日,目前的 orca 5.03 是最新版
- 系统版本 Ubuntu 20.04
- cpu 在以下平台均测试成功
- AMD Ryzen 9 5950X
- Intel(R) Xeon(R) E5-2675 v3
- Intel(R) Xeon(R) Silver 4210R
- Intel(R) Xeon(R) Gold 6161
以下教程基本就是复制粘贴,很简单
1. 准备工作
下载 MobaXterm : 点我下载
方便后面的操作，sftp 和 ssh 在一个界面非常友好，支持 x11 转发，全能终端工具，方便后面的操作
1.1 更改 Ubuntu 源
更换源保证以后的下载速度 , 修改
sources.list 文件sudo vim /etc/apt/sources.list
把里面的全部删掉，修改成下面的：
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
修改完后，进行更新
sudo apt-get update
1.2 安装 tmux
sudo apt-get install tmux -y
安装 tmux 的目的是保证,让我们所有的操作都在后台,不用担心断连问题
建立一个 tmux 后台
tmux new -s orca
后面我们的所有操作将在 tmux 中操作,目的是防止断连,什么?你还不会 tmux? ,赶紧去看看吧,10分钟入门(点我打开）
1.3 一次性安装所需要的各种包
总是缺少命令?赶紧一键下载吧
sudo apt-get install build-essential gfortran wget -y
2 orca安装
2.1 准备工作
- orca 下载(点我下载)
- 也可以在官网下载,去这个页面(点我前往) 注意要下载带名字中有 share 的版本(几百MB的)!,不要下载那三个分卷,下载的三个分卷(大概10G),我实测,没办法用并行,说的很好自带 openmpi ,实际上很坑.
下载好解压放入你的家目录,如果你不知道,就运行
echo "$HOME"
将下载的压缩文件放入到这个目录中, 然后解压,需要等待一下
tar -xvf orca_5_0_3_linux_x86-64_shared_openmpi411.tar.xz&&mv orca_5_0_3_linux_x86-64_shared_openmpi411 orcashare
2.2 配置环境变量
无脑一键操作
echo -e '\n#orca\nexport PATH=$PATH:$HOME/orcashare' >> $HOME/.bashrc; echo 'export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HOME/orcashare' >> $HOME/.bashrc; echo "alias orca='$HOME/orcashare/orca'" >> $HOME/.bashrc
3. openmpi 安装
3.1 准备工作
无脑复制粘贴即可
cd $HOME && wget -c https://www.open-mpi.org/software/ompi/v4.1/downloads/openmpi-4.1.1.tar.gz && tar -xvf openmpi-4.1.1.tar.gz && cd $HOME/openmpi-4.1.1 && mkdir $HOME/openmpi
3.2 编译安装
下面的过程可能有点长,慢慢等待即可,我们是在 tmux 中运行的,所以不怕断连
cd $HOME/openmpi-4.1.1 && ./configure --prefix=$HOME/openmpi
make -j `cat /proc/cpuinfo |grep 'processor'|sort -u|wc -l`
make install
3.3 配置环境变量
下面命令复制粘贴就行了,会自动放入
.bashrc 文件中echo -e '\n#openmpi\nexport PATH=$PATH:$HOME/openmpi/bin' >> $HOME/.bashrc
echo 'export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HOME/openmpi/lib' >> $HOME/.bashrc&&source $HOME/.bashrc
运行
ompi_info
看看是否正常
3.4 配置超线程运行
如果你不配置以下,会得到类似下面的报错
There are not enough slots available in the system to satisfy the 30slots that were requested by the application:
一键配置:
echo "localhost slots=`cat /proc/cpuinfo |grep 'processor'|sort -u|wc -l`" >> $HOME/openmpi/etc/openmpi-default-hostfile
4. 运行测试
4.1 普通运行
新建一个保存orca文件的目录
cd $HOME&&mkdir orcaData
点我下载测试文件,也可以把这段代码保存为 orcaTest.inp 文件,保存到上面的 orcaData 文件夹下面
下面的30换成你的线程.如何查看线程?使用这个命令
cat /proc/cpuinfo |grep 'processor'|sort -u|wc -l 可以自行查看,然后替换下面的 30# 中文测试 # Basic Mode # %pal nprocs 30 end ! RHF OPT FREQ def2-TZVPP * xyz 0 1 C -3.57201 0.75197 -0.00713 C -2.46496 -0.30040 -0.11486 H -4.55185 0.29023 -0.25025 H -3.38875 1.58627 -0.71636 H -3.61790 1.15660 1.02610 C -1.08299 0.33386 0.07660 H -2.51026 -0.76565 -1.12270 H -2.64813 -1.08619 0.64974 C 0.03317 -0.71134 0.01244 H -1.02734 0.85123 1.05790 H -0.91523 1.07831 -0.73136 H -0.06624 -1.43465 0.84878 H 1.01708 -0.20375 0.09911 H 0.00291 -1.25980 -0.95232 *
然后使用命令运行
orca orcaTest.inp > orcaTest.out &
使用 MobaXterm看看是否占满
orca官方手册(点我下载)
4.2 slurm 运行
直接用slurm运行会出错,需要加一个参数
#SBATCH --cpus-per-task=32这里32是我的线程数#!/bin/bash #===任务名字=== #SBATCH -J 5950x-orca #=== 调用哪个节点 === #SBATCH -p Ubuntu-5950x #=== 节点核和数量设定 === #SBATCH -n 32 # 总核数 #SBATCH --ntasks-per-node=32 # 每节点核数 #=== 输入和输出文件 === #SBATCH --output=orcaJob%j.out #SBATCH --error=orcaJob%j.err #=== 邮件通知 === #SBATCH --mail-user=wxyhgk@qq.com #SBATCH --mail-type=ALL $HOME/orcashare/orca orcaTest.inp > orcaTest.out