Ubuntu 20.04 安装 orca 5.03 | 我心永恒的小站

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说明

截至,2022年11月2日,目前的 orca 5.03 是最新版

系统版本 Ubuntu 20.04

cpu 在以下平台均测试成功

AMD Ryzen 9 5950X
Intel(R) Xeon(R) E5-2675 v3
Intel(R) Xeon(R) Silver 4210R
Intel(R) Xeon(R) Gold 6161

以下教程基本就是复制粘贴,很简单

1. 准备工作

下载 MobaXterm : 点我下载方便后面的操作，sftp 和 ssh 在一个界面非常友好，支持 x11 转发，全能终端工具，方便后面的操作

1.1 更改 Ubuntu 源

更换源保证以后的下载速度 , 修改 sources.list 文件

把里面的全部删掉，修改成下面的：

修改完后，进行更新

1.2 安装 tmux

安装 tmux 的目的是保证,让我们所有的操作都在后台,不用担心断连问题

建立一个 tmux 后台

后面我们的所有操作将在 tmux 中操作,目的是防止断连,什么?你还不会 tmux? ,赶紧去看看吧,10分钟入门(点我打开）

1.3 一次性安装所需要的各种包

总是缺少命令?赶紧一键下载吧

2 orca 安装

2.1 准备工作

orca 下载(点我下载)

也可以在官网下载,去这个页面(点我前往) 注意要下载带名字中有 share 的版本(几百MB的)!,不要下载那三个分卷,下载的三个分卷(大概10G),我实测,没办法用并行,说的很好自带 openmpi ,实际上很坑.

下载好解压放入你的家目录,如果你不知道,就运行

将下载的压缩文件放入到这个目录中, 然后解压,需要等待一下

2.2 配置环境变量

无脑一键操作

3. openmpi 安装

3.1 准备工作

无脑复制粘贴即可

上面的 openmpi 可以去官网下载（https://www-lb.open-mpi.org/software/ompi），然后上传到自己的服务器然后解压什么

3.2 编译安装

下面的过程可能有点长,慢慢等待即可,我们是在 tmux 中运行的,所以不怕断连

这个命令用于编译OpenMPI。-j参数后面的部分是用来确定并行编译的线程数,它会统计CPU的处理器数量并使用所有可用的核心来加速编译过程。

这个命令用于安装编译好的OpenMPI。它会将编译好的文件复制到指定的安装目录中。

3.3 配置环境变量

下面命令复制粘贴就行了,会自动放入 .bashrc 文件中

运行

看看是否正常

3.4 配置超线程运行

如果你不配置以下,会得到类似下面的报错

There are not enough slots available in the system to satisfy the 30slots that were requested by the application:

一键配置:

4. 运行测试

4.1 普通运行

新建一个保存orca文件的目录

点我下载测试文件,也可以把这段代码保存为 orcaTest.inp 文件,保存到上面的 orcaData 文件夹下面

下面的30换成你的线程.如何查看线程?使用这个命令 cat /proc/cpuinfo |grep 'processor'|sort -u|wc -l 可以自行查看,然后替换下面的 30

然后使用命令运行

使用 MobaXterm看看是否占满

orca官方手册(点我下载)

4.2 slurm 运行

直接用slurm运行会出错,需要加一个参数 #SBATCH --cpus-per-task=32这里32是我的线程数

5. 参考教程

5.1 安装教程

https://cloud.tencent.com/developer/article/1848685

http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html

https://www.kryii.com/79.html

5.2 其他设置

https://stackoverflow.com/questions/56432943/change-the-number-of-cores-openmpi-can-see?noredirect=1&lq=1

https://www.orcasoftware.de/tutorials_orca/first_steps/install.html

http://muchong.com/html/201705/7084680.html

说明