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Aug 25, 2023 05:15 PM
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说明
- 截至,2022年11月2日,目前的 orca 5.03 是最新版
- 系统版本 Ubuntu 20.04
- cpu 在以下平台均测试成功
- AMD Ryzen 9 5950X
- Intel(R) Xeon(R) E5-2675 v3
- Intel(R) Xeon(R) Silver 4210R
- Intel(R) Xeon(R) Gold 6161
以下教程基本就是复制粘贴,很简单
1. 准备工作
下载 MobaXterm : 点我下载
方便后面的操作,sftp 和 ssh 在一个界面非常友好,支持 x11 转发,全能终端工具,方便后面的操作
1.1 更改 Ubuntu 源
更换源保证以后的下载速度 , 修改
sources.list
文件把里面的全部删掉,修改成下面的:
修改完后,进行更新
1.2 安装 tmux
安装 tmux 的目的是保证,让我们所有的操作都在后台,不用担心断连问题
建立一个 tmux 后台
后面我们的所有操作将在 tmux 中操作,目的是防止断连,什么?你还不会 tmux? ,赶紧去看看吧,10分钟入门(点我打开)
1.3 一次性安装所需要的各种包
总是缺少命令?赶紧一键下载吧
2 orca安装
2.1 准备工作
- orca 下载(点我下载)
- 也可以在官网下载,去这个页面(点我前往) 注意要下载带名字中有 share 的版本(几百MB的)!,不要下载那三个分卷,下载的三个分卷(大概10G),我实测,没办法用并行,说的很好自带 openmpi ,实际上很坑.
下载好解压放入你的家目录,如果你不知道,就运行
将下载的压缩文件放入到这个目录中, 然后解压,需要等待一下
2.2 配置环境变量
无脑一键操作
3. openmpi 安装
3.1 准备工作
无脑复制粘贴即可
3.2 编译安装
下面的过程可能有点长,慢慢等待即可,我们是在 tmux 中运行的,所以不怕断连
3.3 配置环境变量
下面命令复制粘贴就行了,会自动放入
.bashrc
文件中运行
看看是否正常
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F2c04bcc8-4eac-422a-8df0-d886cb091c1f%2FUntitled.png?table=block&id=2164eaf4-9076-439d-903a-dd1db8fc126e&t=2164eaf4-9076-439d-903a-dd1db8fc126e&width=1168&cache=v2)
3.4 配置超线程运行
如果你不配置以下,会得到类似下面的报错
There are not enough slots available in the system to satisfy the 30slots that were requested by the application:
一键配置:
4. 运行测试
4.1 普通运行
新建一个保存orca文件的目录
点我下载测试文件,也可以把这段代码保存为 orcaTest.inp 文件,保存到上面的 orcaData 文件夹下面
下面的30换成你的线程.如何查看线程?使用这个命令
cat /proc/cpuinfo |grep 'processor'|sort -u|wc -l
可以自行查看,然后替换下面的 30然后使用命令运行
使用 MobaXterm看看是否占满
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fff8582d8-6adf-4daf-b36e-0ad28a8a4948%2FUntitled.png?table=block&id=dec49ad8-111f-4a6c-a128-c76ab59ebf19&t=dec49ad8-111f-4a6c-a128-c76ab59ebf19&width=1347&cache=v2)
orca官方手册(点我下载)
4.2 slurm 运行
直接用slurm运行会出错,需要加一个参数
#SBATCH --cpus-per-task=32
这里32是我的线程数5. 参考教程
5.1 安装教程
5.2 其他设置
- 作者:我心永恒
- 链接:https://wxyhgk.com/article/ubuntu-orca
- 声明:本文采用 CC BY-NC-SA 4.0 许可协议,转载请注明出处。