发布于: 2022-10-18最后更新: 2023-8-25字数 00 分钟

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Aug 25, 2023 05:15 PM
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1. 准备工作

1.1 软件下载

  • 下载 MobaXterm 终端软件(点我下载) 方便后面的操作,sftp 和 ssh 在一个界面非常友好,支持 x11 转发,全能终端工具,方便后面的操作

1.2 修改 Ubuntu 源

更换源保证以后的下载速度。
 
修改 sources.list 文件
 
把里面的全部删掉,修改成下面的:
 
修改完后,进行更新

1.3 安装一些包

首先安装 tmux 这样就能保证后台一直运行,就算断连也可以后台运作
使用命令 tmux new -s gamess 建立一个 gamess 后台窗口,更多的 tumux 命令看这个(点我打开
 
一次性安装常见的 build 需要的各种组件:

2. Intel mkl 安装

使用命令:
包比较大,慢慢等待下载,我们已经使用 tmux 了,所以不用担心服务器断连。
 
下载完成后,使用命令
运行包,稍等一下,MobaXterm 会弹出可视化安装界面。
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最后慢慢等待安装
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3. GAMESS 安装

3.1 准备工作

将下载好的 GAMESS 软件包上传到服务器,MobaXterm 直接拖过去就行了。
 
进入家目录,然后解压

3.2 查看 gfortran 版本号

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记住这个数字 9.4 后面要用

3.3 GAMESS 设置

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下面填入这个 /opt/intel/oneapi/mkl/2022.0.2
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3.4 编译

编译之前,
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修改后之后然后编译
然后
最后
我这里是 64 ,64代表你的cpu的核数,这个过程比较久,慢慢等就行了,我们已经用了 tmux ,不用担心断连
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得到这个说明成功了

3.5 增加最大共享内存

然后在最下面一行填入
注意这里的 N=你的内存*1024*1024*1024 需要自己手动计算

3.6 rumge 配置

先建立一个 restart 文件夹
 
先使用命令
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得到你的机器名字,马上我们就要用,记住。
 
然后进入 $HOME/gamess 目录用文本编辑器打开
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修改第二行,加入 rm -rf $HOME/gamess/restart/* 代码
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修改核数
 
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找到448行
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空一行加入这个代码
这里的 master 改成你的 hostname
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3.7 运行测试

在运行测试之前,运气不好你会遇到这个错误
The GAMESS executable gamess.0.0.x or else the DDIKICK executable ddikick.x could not be found in directory /home/wxyhgk/src/gamess, or else they did not properly link to executable permission.
 
所以你需要这样
 
开始运行测试
这里的测试项是做什么的可以到这里查看(点我打开)
 
等待他测试完,运行好之后,我们使用命令
 
看看48个任务是否全部通过测试
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这里很多时候不通过会出现所谓的 901 错误,像这样
这个错误的原因有这么种情况
  • 前面的没配置好
  • 没有设置内存
  • 核数配置错误了
  • 提前设置了多核运行

3.8 配置多核运行

修改 runall 文件里面的设置,首先修改hostname
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然后修改核数
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3.9 其他

配置环境变量
在最后一行加入以下代码
加入完成之后,保存,然后退出终端,重新进去就能使用 gms 命令了
 
运行 GAMESS :
这里 name 是你的输入文件名字

4. 参考文章

4.1 tumx

  1. http://b23.tv/Z32k1fO
  1. https://www.ruanyifeng.com/blog/2019/10/tmux.html
 

4.2 GMAESS 安装教程

  1. https://blog.csdn.net/qq_23927381/article/details/108899379
  1. https://zhuanlan.zhihu.com/p/472574791
  1. https://www.cnblogs.com/phying/p/16659264.html
  1. http://sobereva.com/193
 

4.3 GAMESS 测试项官方说明

  1. http://myweb.liu.edu/~nmatsuna/gamess/tests.html
 
 

Mac下安装 Gaussian 16 和 GaussView 6
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