Ubuntu20.04 安装 GAMESS
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Nov 27, 2022 10:21 AM
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1. 准备工作
1.1 软件下载
- 下载 MobaXterm 终端软件（点我下载） 方便后面的操作，sftp 和 ssh 在一个界面非常友好，支持 x11 转发，全能终端工具，方便后面的操作
- 下载 GAMESS 软件包（点我下载）
1.2 修改 Ubuntu 源
更换源保证以后的下载速度。
修改
sources.list 文件sudo vim /etc/apt/sources.list
把里面的全部删掉，修改成下面的：
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
修改完后，进行更新
sudo apt-get update
1.3 安装一些包
首先安装
tmux 这样就能保证后台一直运行，就算断连也可以后台运作sudo apt-get install tmux -y
使用命令
tmux new -s gamess 建立一个 gamess 后台窗口，更多的 tumux 命令看这个（点我打开）一次性安装常见的 build 需要的各种组件：
sudo apt-get install build-essential csh gfortran wget -y
2. Intel mkl 安装
使用命令：
cd $HOME;mkdir mkl;cd mkl;wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/18487/l_BaseKit_p_2022.1.2.146_offline.sh
包比较大，慢慢等待下载，我们已经使用 tmux 了，所以不用担心服务器断连。
下载完成后，使用命令
sudo bash l_BaseKit_p_2022.1.2.146_offline.sh
运行包，稍等一下，MobaXterm 会弹出可视化安装界面。
最后慢慢等待安装
3. GAMESS 安装
3.1 准备工作
将下载好的 GAMESS 软件包上传到服务器，MobaXterm 直接拖过去就行了。
进入家目录，然后解压
cd $HOME;tar -xvf gamess-current.tar.gz
3.2 查看 gfortran 版本号
gfortran -v
记住这个数字 9.4 后面要用
3.3 GAMESS 设置
cd $HOME/gamess;./config
下面填入这个
/opt/intel/oneapi/mkl/2022.0.2
3.4 编译
编译之前，
修改后之后然后编译
cd $HOME/gamess;make ddi
然后
make modules
最后
make -j 64 gamess
我这里是 64 ，64代表你的cpu的核数，这个过程比较久，慢慢等就行了，我们已经用了 tmux ，不用担心断连
得到这个说明成功了
3.5 增加最大共享内存
sudo vi /etc/sysctl.conf
然后在最下面一行填入
# gamess shmem kernel.shmmax=N
注意这里的 N=你的内存*1024*1024*1024 需要自己手动计算
3.6 rumge 配置
先建立一个 restart 文件夹
cd $HOME/gamess;mkdir restart
先使用命令
hostname
得到你的机器名字，马上我们就要用，记住。
然后进入
$HOME/gamess 目录用文本编辑器打开
修改第二行，加入
rm -rf $HOME/gamess/restart/* 代码
修改核数
找到448行
空一行加入这个代码
case master: set NNODES=1 set HOSTLIST=(`hostname`:cpus=$NCPUS) breaksw
这里的 master 改成你的 hostname
3.7 运行测试
在运行测试之前，运气不好你会遇到这个错误
The GAMESS executable gamess.0.0.x
or else the DDIKICK executable ddikick.x
could not be found in directory /home/wxyhgk/src/gamess,
or else they did not properly link to executable permission.
所以你需要这样
sudo chmod 777 $HOME/gamess/*
开始运行测试
./runall 00
这里的测试项是做什么的可以到这里查看(点我打开)
等待他测试完，运行好之后，我们使用命令
cd $HOME/gamess;./tests/standard/checktst
看看48个任务是否全部通过测试
这里很多时候不通过会出现所谓的 901 错误，像这样
DDI Process 0: error code 911 ddikick.x: application process 0 quit unexpectedly. ddikick.x: Fatal error detected. The error is most likely to be in the application, so check for input errors, disk space, memory needs, application bugs, etc. ddikick.x will now clean up all processes, and exit...
这个错误的原因有这么种情况
- 前面的没配置好
- 没有设置内存
- 核数配置错误了
- 提前设置了多核运行
3.8 配置多核运行
修改 runall 文件里面的设置，首先修改hostname
然后修改核数
3.9 其他
配置环境变量
cd $HOME;vi .bashrc
在最后一行加入以下代码
# gamess export GMS=$HOME/gamess/rungms alias gms='$HOME/gamess/rungms'
加入完成之后，保存，然后退出终端,重新进去就能使用 gms 命令了
运行 GAMESS ：
gms name.inp 00 >& name.gms &
这里 name 是你的输入文件名字