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Dec 6, 2024 03:37 AM
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vmd 自带的帮助文档（当字典查即可，不要用这个学习，你抓不住重点）
软件设置
打开 VMD的时候，如果是高版本的win10或win11，需要勾选这个兼容模型
VMD Main( 主窗口 )
- File：此菜单包含文件操作相关选项，如加载分子文件（Load Molecule）、保存当前状态（Save State）、加载状态（Load State）、导出图像（Render）、退出VMD（Quit）等。
- Molecule：此菜单包含对分子对象进行操作的选项，如创建、删除、复制分子对象，更改分子对象的属性（名称、显示样式等），加载轨迹文件等。
- Display：此菜单包含有关显示设置的选项，如显示/隐藏正交投影、显示/隐藏深度排除等。此外，还可以通过此菜单设置立体显示模式、投影模式等。
- Mouse：此菜单包含鼠标操作相关的选项，如旋转、平移、缩放分子，选择/拖动/添加原子等。你可以在此菜单中选择不同的鼠标操作模式。
- Extensions：此菜单包含VMD中的各种扩展功能，如分析工具（Analysis）、构建工具（Builder）、计算工具（Calculation）、修改工具（Modification）等。这些扩展功能可以用于执行更复杂的任务，例如计算二级结构、测量距离、角度等。
- Help：此菜单包含帮助和关于VMD的信息，如在线文档（Online Documentation）、VMD用户指南（User's Guide）、VMD教程（Tutorial）、关于VMD（About VMD）等。
1. File(文件) 选项
重要说明
1. 使用外部渲染器可以让你的分子更好看，更牛逼，具体的可以去学习
2. Tcl（Tool Command Language) 就是编程，可以实现牛逼的操作功能，比如原子之间的距离、角度、二面角等。可以在 https://www.tcl.tk/ 和 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html，以及 https://stackoverflow.com/ 交流学习
1.1 New Molecule(新建分子）
点击新建分子会出现这个窗口
Detemine file type（指定加载文件类型）部分有下面的选项
2. Molecule(分子) 选项
- Make Top：将当前选中的分子设置为顶层分子。这将影响其他VMD窗口和操作中的默认分子。
- Toggle Active：切换当前选中分子的活动状态。当分子处于非活动状态时，它不会受到某些操作（如模拟、测量等）的影响。
- Toggle Displayed：切换当前选中分子的显示状态。当分子处于隐藏状态时，它不会在VMD的显示窗口中可见。
- Toggle Fixed：切换当前选中分子的固定状态。当分子处于固定状态时，它在模拟过程中将保持静止。
- Rename...：重命名当前选中的分子。
- Delete Frames：删除当前选中分子的指定帧。您可以删除单个帧、一系列帧或全部帧。
- Abod File I/O：这个选项用于在VMD正在进行文件输入/输出操作时中止该操作。比如在加载非常大的分子文件或保存复杂数据时，如果操作需要很长时间或者您意识到有其他问题，可以使用此选项来取消正在进行的文件读写操作。
- Delete Molecule：删除当前选中的分子。此操作将从VMD中移除分子及其相关数据。
3. Graphics（图形）选项
Graphics：此菜单包含图形相关选项，如更改背景颜色、显示分子轴、显示分子边界框、显示网格等。此外，还包括显示/隐藏各种标签（例如原子名称、原子序号等）和修改渲染模式的选项。
分子的几种显示方式
4. Display（显示窗口）
5. Mouse（鼠标）
6. Extensions（拓展）
感觉一般人用不到，懒得介绍了，重点关注下 Tcl 脚本
7 Help
几个帮助什么的，还有脚本的仓库，插件仓库
- 作者:我心永恒
- 链接:https://wxyhgk.com/article/vmd-1
- 声明:本文采用 CC BY-NC-SA 4.0 许可协议，转载请注明出处。
