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Aug 25, 2023 05:15 PM
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vmd 自带的帮助文档(当字典查即可,不要用这个学习,你抓不住重点)
软件设置
打开 VMD的时候,如果是高版本的win10或win11,需要勾选这个兼容模型
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fdddb1c4e-3196-4360-9318-ef231adf90e3%2FUntitled.png?table=block&id=74f36619-847d-4631-a22d-1041432e7992&t=74f36619-847d-4631-a22d-1041432e7992&width=480&cache=v2)
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fa9d4f946-a04b-482c-a2fe-8ec649f3bcd8%2FUntitled.png?table=block&id=fc8e3876-56fa-416a-8fa5-67b223f5a0d1&t=fc8e3876-56fa-416a-8fa5-67b223f5a0d1&width=336&cache=v2)
VMD Main( 主窗口 )
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F2c48d3a6-ac2c-46f6-a33e-31fd9dcaa2c3%2FUntitled.png?table=block&id=a4a9d1ae-1fa4-4dac-b9af-1a76ab85c5c2&t=a4a9d1ae-1fa4-4dac-b9af-1a76ab85c5c2&width=576&cache=v2)
- File:此菜单包含文件操作相关选项,如加载分子文件(Load Molecule)、保存当前状态(Save State)、加载状态(Load State)、导出图像(Render)、退出VMD(Quit)等。
- Molecule:此菜单包含对分子对象进行操作的选项,如创建、删除、复制分子对象,更改分子对象的属性(名称、显示样式等),加载轨迹文件等。
- Display:此菜单包含有关显示设置的选项,如显示/隐藏正交投影、显示/隐藏深度排除等。此外,还可以通过此菜单设置立体显示模式、投影模式等。
- Mouse:此菜单包含鼠标操作相关的选项,如旋转、平移、缩放分子,选择/拖动/添加原子等。你可以在此菜单中选择不同的鼠标操作模式。
- Extensions:此菜单包含VMD中的各种扩展功能,如分析工具(Analysis)、构建工具(Builder)、计算工具(Calculation)、修改工具(Modification)等。这些扩展功能可以用于执行更复杂的任务,例如计算二级结构、测量距离、角度等。
- Help:此菜单包含帮助和关于VMD的信息,如在线文档(Online Documentation)、VMD用户指南(User's Guide)、VMD教程(Tutorial)、关于VMD(About VMD)等。
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F624c980c-ace4-4766-8abc-d22763893449%2FUntitled.png?table=block&id=8d01fc20-2cad-4e51-ac7c-373938cb95fd&t=8d01fc20-2cad-4e51-ac7c-373938cb95fd&width=576&cache=v2)
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F9acd56b0-1a77-4d1c-9222-829500157ad6%2FUntitled.png?table=block&id=a8b3f75d-d640-413a-84a7-b8fa835e7018&t=a8b3f75d-d640-413a-84a7-b8fa835e7018&width=576&cache=v2)
1. File(文件) 选项
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F2514a5c1-9184-4e47-90ee-155c0fb99ac9%2FUntitled.png?table=block&id=848292f7-fad0-4c5f-a398-c69082c58e16&t=848292f7-fad0-4c5f-a398-c69082c58e16&width=864&cache=v2)
重要说明
1. 使用外部渲染器可以让你的分子更好看,更牛逼,具体的可以去学习
2. Tcl(Tool Command Language) 就是编程,可以实现牛逼的操作功能,比如原子之间的距离、角度、二面角等。可以在 https://www.tcl.tk/ 和 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html,以及 https://stackoverflow.com/ 交流学习
1.1 New Molecule(新建分子)
点击新建分子会出现这个窗口
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F6bb31f5c-923a-4af3-befb-5f39119d862c%2FUntitled.png?table=block&id=8b4aa9fd-824d-404b-8b45-f456a06d2f41&t=8b4aa9fd-824d-404b-8b45-f456a06d2f41&width=2248&cache=v2)
Detemine file type(指定加载文件类型)部分有下面的选项
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F581c45ad-739c-4de2-acec-b14eee2cfe9b%2FUntitled.png?table=block&id=52196162-f73d-4e5e-a87f-cf3865ea89ba&t=52196162-f73d-4e5e-a87f-cf3865ea89ba&width=455&cache=v2)
2. Molecule(分子) 选项
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F7dd8755d-803e-4e4d-9e71-43f8cdb2bc2d%2FUntitled.png?table=block&id=21830f45-e750-445a-84ca-777bace70ea9&t=21830f45-e750-445a-84ca-777bace70ea9&width=3652&cache=v2)
- Make Top:将当前选中的分子设置为顶层分子。这将影响其他VMD窗口和操作中的默认分子。
- Toggle Active:切换当前选中分子的活动状态。当分子处于非活动状态时,它不会受到某些操作(如模拟、测量等)的影响。
- Toggle Displayed:切换当前选中分子的显示状态。当分子处于隐藏状态时,它不会在VMD的显示窗口中可见。
- Toggle Fixed:切换当前选中分子的固定状态。当分子处于固定状态时,它在模拟过程中将保持静止。
- Rename...:重命名当前选中的分子。
- Delete Frames:删除当前选中分子的指定帧。您可以删除单个帧、一系列帧或全部帧。
- Abod File I/O:这个选项用于在VMD正在进行文件输入/输出操作时中止该操作。比如在加载非常大的分子文件或保存复杂数据时,如果操作需要很长时间或者您意识到有其他问题,可以使用此选项来取消正在进行的文件读写操作。
- Delete Molecule:删除当前选中的分子。此操作将从VMD中移除分子及其相关数据。
3. Graphics(图形)选项
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fc9cd289b-ab53-4e84-9ab8-2618b541e2fd%2FUntitled.png?table=block&id=a90b3a05-c8a6-4bae-85e5-29fe07576446&t=a90b3a05-c8a6-4bae-85e5-29fe07576446&width=1707&cache=v2)
Graphics:此菜单包含图形相关选项,如更改背景颜色、显示分子轴、显示分子边界框、显示网格等。此外,还包括显示/隐藏各种标签(例如原子名称、原子序号等)和修改渲染模式的选项。
分子的几种显示方式
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fcae267ef-769e-4650-b86d-ec6b7bd16c8a%2FUntitled.png?table=block&id=82980c33-fd8d-463c-b472-6f5ef1587432&t=82980c33-fd8d-463c-b472-6f5ef1587432&width=432&cache=v2)
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F3ca40e49-818e-4754-bf6e-51eacf317b59%2FUntitled.png?table=block&id=0c049e1b-20f2-4aa6-8aad-7f43b76ebf1e&t=0c049e1b-20f2-4aa6-8aad-7f43b76ebf1e&width=432&cache=v2)
4. Display(显示窗口)
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F94de9f98-bf9d-40c4-957f-126460ebf49c%2FUntitled.png?table=block&id=7c86b295-2192-4db7-99dd-fed0ee28aeb7&t=7c86b295-2192-4db7-99dd-fed0ee28aeb7&width=768&cache=v2)
5. Mouse(鼠标)
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fdf261078-5896-408d-b695-e681d713e2b8%2FUntitled.png?table=block&id=615bbc08-9512-4958-82c3-5df5d0c86d07&t=615bbc08-9512-4958-82c3-5df5d0c86d07&width=1650&cache=v2)
6. Extensions(拓展)
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F2d1cfff5-5e03-43b2-bf77-e3224e042942%2FUntitled.png?table=block&id=9754ff85-f889-460a-bd1f-220e184e126d&t=9754ff85-f889-460a-bd1f-220e184e126d&width=944&cache=v2)
感觉一般人用不到,懒得介绍了,重点关注下 Tcl 脚本
7 Help
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fce4c586b-5d28-4a81-af5e-fdfeaf70b478%2FUntitled.png?table=block&id=f5589003-eee4-4590-aca2-d0829f801854&t=f5589003-eee4-4590-aca2-d0829f801854&width=1109&cache=v2)
几个帮助什么的,还有脚本的仓库,插件仓库
- 作者:我心永恒
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